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苹果疫腐病的病菌为多寄主，一般苹果园中均有存在，该病菌喜高湿和低温，只有当湿度接近100％，才会发病。当温度超出25℃后，一般不再发病。2008年，由于6月中旬前，出现少见的低温和高湿气候，因而发生了20年最严重的苹果疫腐病。当侵害根茎时，多随灌溉水传播。
防治方法：
1、疫腐菌在病残体的土壤中越冬，所以清除病残体，及时清理落地果实并摘除树上病果、病叶集中深埋，是一项重要的防病措施。
2、由于疫腐病菌是以雨水飞溅为主要传播方式，所以果实越靠近地面越易受侵染而发病，以距地60厘米以下的果实发病最多，一般最高不超过1.5米，适当采取提高结果部位和地面铺草等方法，可避免侵染减轻为害。
3、改善果园生态环境，排除积水，降低湿度，树冠通风透光可有力地控制病害。
4、 在发生严重的园片，当在5－6月出现低温高湿气候后，可在地面喷施100倍液的硫酸铜，以喷湿地面为准。在套袋前喷药防治，重点是一米以下高度的果实。可使用防治霜霉病的各种药剂。当侵害树体根茎处时，使用100倍液的硫酸铜浇灌。
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