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由于菠菜植株的性型比较复杂，故应注意掌握好留种的技术。
菠菜植株的性型大致可分为以下四种：一是绝对雄株，只开雄花。二是营养雄株，只开雄花，与绝对雄株比较，基生叶较大，抽薹较迟。三是雌株，仅开雌花，抽薹较雄株迟。四是雌雄同株，同一植株开雌花和雄花，或开“两性花”，花期与雌株相接近。
当发现留种田内有部分植株开始抽薹时，即应将绝对雄株和抽薹早的雌株，以及病株、弱株、杂种株等及早拔除，并随即追肥一次，以促使种株多发分枝。以后还应陆续拔除一部分营养雄株，通常每平方米面积只需留下3—5株与雌株同时开花的营养雄株便可（供授粉用）。待雌株结籽后，即可把全部营养雄株拔除，以促进种籽发育成熟。
当植株茎叶大部分已枯黄，果皮转呈黄绿色时，便可收割种株，经堆放3—5天，让其进行“后熟”，然后再进行脱粒、晾干贮藏。
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