昌吉市得天独厚的自然气候条件非常适宜杂交玉米、西甜瓜等农作物种子的生产和贮藏，生产的种子以色泽好，千粒重高、含水量低、种子质量好等特点驰名区内外，是*杂交玉米制种基地和自治区优质农作物种子生产基地和经营集散地，也是我国玉米、西甜瓜制种中心，国家瓜类研究中心和自治区玉米研究中心就设在昌吉市。

　　全市注册资金1亿元以上种子企业四家，注册资金3000万以上种子企业有21家，注册资金100万以上种子企业有102家，登记在册种子商户有280户。有三家种子企业取得国家育繁推一体化资质，其中全国*的西甜瓜种子企业和番茄种子企业、新疆*的玉米、小麦、向日葵和甜菜生产经营企业均在我市注册，登海、东亚、三北、西域等国内大型种子企业也已落户我市，所产种子不仅供应全市，而且远销国内外，已发展成为全疆*的种子集散地。

　　2015年全市制种面积17.8万亩，其中杂交玉米制种11.5万亩。已初步建成了以榆树沟镇、二六工镇、三工镇、大西渠镇为中心的优质制种玉米带;以滨湖镇、佃坝乡、六工镇、大西渠镇为主的瓜菜制种区;以老龙河地区农场为主的优质小麦制种带，农作物制种已占全市种植业的20%以上，每年给昌吉市农民带来4亿多元的产值，已初步实现了玉米制种全程机械化、标准化、规模化生产。2015年昌吉市种子企业通过省级审定和登记品种有21个，国审品种2个。