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随着科学技术的发展，辣椒育苗改过的冷床育苗为漂浮育苗，既节约成本和时间又便于管理，移栽大田后成活率高等优点，但育苗过程中值得注意以下几个问题：
一、种子消毒处理：将选用的辣椒种子用50-55℃的温开水浸泡15-20分钟后，取出凉至半干用50%多菌灵可湿性粉剂拌种（用种子量的0.3‰）尔后再将种子播入装好的的漂盘内。此做法主要防治辣椒病毒病及苗期的猝倒病和疫病。
二、基质的消毒处理：将选择好的基质用50%的多菌灵或福美双可湿性粉剂600倍喷打基质至湿润后再装入漂盘内。
三、育苗池营养液的配制：前期浓度宜低，用N:P:K(15:15:15)的0.15%复合肥液，中期到移栽前适当补充营养，营养液浓度可调至0.25%（即100千克水中兑0.25千克复合）。
四、脂2500倍+65%代森锌800倍防治辣椒疫病、灰霉病、猝倒病发生及蚜虫、蓟马为害。
五、适度的通风、揭膜炼苗：出苗后，当心叶1-2片时，早上8点至10点半揭膜炼苗，防徒长，培育蹲实、健壮苗，中午12点至4点半加强通风防止烧苗。
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