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萝卜病害主要是病毒病和黑腐病。病毒病至今无特效药剂，主要办法是治蚜，防止高温干旱。黑腐病是由黑腐菌引起的病害，主要症状是根部中心变黑以及肉质根的维管束变黑腐烂。病菌在种子、病株残体上越冬，借雨水和昆虫传播。应选用抗病品种，一般青萝卜轻，白萝卜重，也可用50℃温汤浸种30分钟，喷洒800倍新高脂膜。驱除地下病虫，隔离病毒侵害，同时还可提高出苗率。
另外，还有软腐病、霜霉病、白斑病等，主要也是通过选用抗病品种，深沟高畦，控水灭虫等综合办法防治。萝卜虫害有黄条跳甲、小地老虎、菜青虫(菜白蝶幼虫)和钻心虫(菜螟幼虫)等。黄条跳甲成虫可用90％敌百虫1000倍液打药防治，幼虫可在灌水后再用上述药液灌浇。小地老虎可用20％杀灭菊酯乳剂8000倍液喷洒，也可堆草诱杀，在使用药剂时同时使用新高脂膜，可提高药效。
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