由于冬季棚内气温较低，加上长期封闭，如果管理不善，容易导致冻害、湿害和气害等的发生。轻者影响花卉生长，重者造成花卉死亡。所以，必须加强管理。 
一、棚内越冬花卉的管理
一是需在低温棚室越冬的花卉。盆栽的山茶花、棕竹、杜鹃、含笑、朱顶红等，只要在低温时稍加保护即可在休眠状态下安全越冬。进棚后，应注意晴天通风降温，不可贪图高温，如果打破冬季休眠，容易进入生长状态，抗寒力则会大大降低。
二是需在温室生长、冬季或早春开花的花卉，如报春花、瓜叶菊、蒲包花、马蹄莲、仙客来等，入棚室栽培时，白天气温应保持在15℃－20℃，夜间应覆盖保温在5℃左右，不能低于0℃。
三是需在高温棚室越冬的花卉，如竹芋类、仙人掌类、发财树、热带兰等喜高温花卉，仅靠单层塑料大棚越冬是不够的，还必须辅以其他措施。如在大棚外加盖草苫等保温材料，或在大棚内再套一个简易棚，做成双层棚，或采用电热线或火炉加温。可根据具体情况合理选用。
二、大棚花卉注重防四害
1.防冻害。对不耐寒的花卉，晚上应加盖草帘或在棚内套上小棚；也可在大棚中央每隔几米挖一贮水池，利用贮水池保温；或在地面撒些草木灰，一般可提高地温1℃－2℃；或是在降温前，用抗冷冻素400－700倍液喷洒植株的茎部和叶片，起到防寒抗冻作用。
2.防湿害。在长期密封，雨雪天多时，大棚外应开好排水沟，降低土壤湿度。另外，可在盆面或地面撒些草木灰，起到吸热增温、吸湿降湿的作用。同时要注意绷紧棚膜，严防棚顶积水漏水。
3.防气害。棚室内应施用充分腐熟的有机肥料，尽量减少化肥的施用量。晴朗无风的天气，应及时通风换气，将棚内有害气体排出。棚内尽量不采用明火加温。
4.防病害。大棚内空气湿度大，要特别注意防治白粉病、黑斑病、炭疽病等病害的发生。对炭疽病，可在发病初期用75%百菌清500倍液喷药防治；白粉病可用1∶1∶140等量式波尔多液喷药防治；黑斑病可用70%甲基托布津1000倍液喷药防治。在棚室内用药应避开晴天中午高温期和花卉的开花期。