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防治青花菜黑斑病，最好选无病区留种，或在无病种株上留种，防止种子带菌。播种前新高脂膜拌种（可与种衣剂混用），能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率。
青花菜生长期间，要以预防为主，及时用药。在发病前使用植物细胞免疫因子，提升植物抗逆性，可使病毒DNA断裂凋亡。强大免疫功能，诱生干扰素和活性细胞介素，抑制残余病毒复制，促进植物正能量生态生长。以寄主植物抗病机理及利用病菌毒性变异原理，控制植物生理性病害和侵染性病害繁衍。发病初期，可选用50％异菌脲可湿性粉剂1000-1500倍液，喷雾防治，7天一次，连喷2-3次。因跳甲类害虫能促使此病蔓延，所以喷药时应适当加入杀虫剂。
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