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造成芸豆红根、烂根的主要原因是沤根、盐渍化伤根、多种病菌、线虫引起的根腐病等多种原因造成的。
预防办法：由于芸豆自身具有很强的固氮能力，基肥应以生物菌肥、有机肥、氮肥含量较低的复合肥为主。适时使用根施通于微肥配合灌根，能诱导植株对土壤中氮磷钾及各种微量元素的吸收、消化、释放，提升果实发育正能量，优化果实品质。旨在强壮根系，提高芸豆的抗病能力。
前期管理：小水勤浇，结荚前不追肥，结荚后建议冲施高钾促果型肥料；再喷施菜果壮蒂灵，使芸豆增强花粉受精质量，循环坐果率强，促进果实发育，无畸形、无空壳、无秕粒，整齐度好、品质提高、使菜果连连丰产。
治疗方法：在芸豆出苗后喷施新高脂膜，可有效防止地上水分不蒸发，苗体水分不蒸腾，隔绝病虫害，缩短缓苗期，快速适应新环境。适时用克粉霜25ml+碧护0.5克兑水15公斤灌根，7-10天后再灌一次，基本不再会有病害发生，同时可将芸豆根际的线虫杀死，避免了线虫的危害，杜绝芸豆红根病的发生。
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