无土栽培基质长时间使用会聚积病菌和虫卵，尤其连作条件下，因为长期种植一种植物，更容易发生病虫害。因此，每茬作物收获以后，下一次使用之前，对基质进行消毒是很有必要的。
常见基质消毒方法有以下几种： 
   （1）蒸汽消毒   凡是有条件的地方，可将要消毒的基质装入柜或箱中。生产面积较大时，基质可以堆成20厘米高，长宽根据地形而定，全部用防水防高温布盖上，通人蒸汽后，在70～90℃条件下，消毒1小时即可，效果较好，且比较安全。
   （2）化学药剂消毒常用的药剂有以下几种：
    1.40％甲醛   又称福尔马林，是一种良好的杀菌剂，但对害虫效果较差。一般将40％的原液稀释50倍，用喷壶将基质均匀喷湿，覆盖塑料薄膜，经24～26小时后揭膜，风干2周后使用。
    2.氯化苦   氯化苦为液体，能有效地杀死线虫、昆虫、一些杂草种子和病原真菌。先将基质整齐堆放30厘米厚，长宽根据具体情况而定。在基质上每隔30厘米打一深为10～15厘米的孔，每孔内用注射器注入5毫升氯化苦，随即将孔堵住，再在其上铺30厘米厚的基质，用同样的方法打孔注射氯化苦，共铺2－3层基质，然后盖上塑料薄膜，熏蒸7～lO天后，揭开塑料薄膜，风干7～8天后即可使用。
    氯化苦对植物及人体有毒害作用，使用时务必注意安全。
    3.溴甲烷    该药剂能有效地杀死大多数线虫、昆虫、杂草种子和一些真菌。使用时将基质堆起，然后用塑料管将药液引注到基质上并混匀，每立方米用药100～200克。混匀后用薄膜覆盖密闭5～7天，然后揭开薄膜，晾晒7～10天后。
    溴甲烷有剧毒，使用时要注意安全。
    4.威百菌该药剂是一种水溶性熏蒸剂，对线虫、杂草和一些真菌有杀伤作用。使用时1升威百菌加入10－15升水稀释，然后喷洒在10平方米基质表面，施药后用塑料薄膜密封基质，15天以后可以使用。
    5.漂白剂(次氯酸钠或次氯酸钙)  该消毒剂尤其适合砾石、沙子基质的消毒。一般在水池中配制含有效氯0.3％－1％的药液，浸泡基质半小时以上，最后用清水冲洗，消除残留氯。此法简便迅速，短时间即可完成。
    (3)太阳能消毒法药剂消毒法虽然方便，但安全性差，并且会污染周围环境，而太阳能消毒法是一种廉价、安全、简便适用的消毒方法。
    具体方法是，在夏季高温季节，在温室或大棚中把基质堆成20～25厘米高，长、宽视具体情况而定，喷湿基质，使基质含水量超过80％，然后用塑料薄膜覆盖基质堆，如果是槽培，可直接浇水后在上面盖薄膜即可，密闭温室或大棚，曝晒10－15天．消毒效果良好。