为满足人们和市场对某些花卉的特殊性状或花朵颜色的需要，进行慎重地设计和选择有利的亲本进行人工授粉是十分必要的。这一操作的目的，是为了阻止自花授粉，因此，必须在开花之前（花粉成熟前），用镊子将花药或整个雄蕊摘除。若在不同基因型的亲本之间进行杂交，尚须在人工去雄之前先将镊子浸入工业酒精中消毒，晾干后再使用，这样才能保证杂交后代的混杂比率降到最低程度。 
    在一些豆科和菊科著名的品种中，它们的花丝往往与花柱的周围连接，形成一个管状体，因此，当我们对此进行去雄操作时，必须相当熟练和小心，否则就会损伤花的雌性部分。更有甚者是菜豆属的一些品种（如法国菜豆和长匐茎菜豆），它们雌蕊的花柱被雄蕊鞘像弹簧一样缠绕着，给人工去雄带来更大的困难。另外，类似于莴苣属的植物，它们的花很小，也难以进行人工去雄，更不便进行大量操作。近年来，国外又发明了一种便携式小型电子振荡器用于许多自花授粉植物{如蕃茄和三色紫罗等）的人工去雄和授粉上已获成功。 
    人工去雄和授粉之后，必须进行套袋保护，以防花粉丢失和混交。除非特别需要，否则这些试验材料必须种植在专用的温室中。一般常用的杂交袋是用细纱布或精细的尼龙布以及玻璃纸制成的。一些开大花的植物（如百合属），在进行人工去雄和授粉之后，可用一小块金属箔包在柱头周围。对风媒传粉的植物来说，更要特别小心，因为它们的花粉极易被风吹跑。在这种情况下，使用的亲本如能产生带有遗传标记的花粉是最理想的。因为它所调控表达的遗传性状是纯合的，且在杂种后代中很容易识别出来。 
    收集花粉通常是在散粉之前进行，并放在温和的容器中催熟。而后放在有通风设备的专用房间里干燥。有时也可以用抽吸的方法，从开放的花中将花粉收集到一个小的玻璃容器中，但这些收集方法却不适于昆虫传粉的品种。另一种方法是收集未开裂的花药，并将其晾干，经摩擦后立即过筛，将花粉筛到一块玻璃板上，经12～24小时后，将未磨开的花药用刀片切开，再次进行精细地过筛，使花粉充分分开。 
    进行人工授粉的办法，通常是用一把驼毛毛刷将花粉授在柱头上。此毛刷在使用前也须像镊子一样进行消毒。 
    杂交后要挂标签注明亲本和日期，并应注意标牌不易被动物移动和被风吹掉。