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唐菖蒲种球质量的好坏，直接关系到栽培的成败。通常可根据以下几点进行挑选：
①球茎的形态与大小。以选择扁球形、中等大小的为好。球茎呈扁平的即已衰老；球茎过大，发芽虽多但开花质量不甚良好。
②无病虫害。挑选球茎应选无褐色或黑色病斑、无霉点与腐烂、无虫咬过的。
③球茎上的芽眼与底部无损伤。由于芽眼是球茎种植后萌发的部位，球茎底部是萌发根的地方，因此这两个部位不能受到损伤，否则会影响发根和发芽，植株不能正常生长发育。
④品种要纯。唐菖蒲的品种繁多，在挑选时切忌搞乱，否则将得不到所需的花枝。花的颜色与球茎的颜色有一定的相关性，黄色或橙色系列的，球茎基部呈黄色；红色系列或粉红系列的，球茎基部呈粉红色：白色或淡色的，球茎的色泽也较淡。
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