西瓜苗沤根又称烂根，是一种生理病害。发生沤根时，首先根毛停止生长，并上乳白色变成铁锈色。进一步发展，副侧根、侧根以至主根表皮也逐渐变成铁锈色。植株生长缓慢，严重昌根系表皮腐烂，不发生新根，幼苗萎蔫。沤根主要是由于床土温度低、湿度过大造成的。在连阴天，床温低、底水又大的情况下，最易发生沤根。防治沤根的方法主要是改善育苗条件，早春西瓜育苗可采用马粪酿热温床或电热温床，这样可保持较高的床土温度，同时苗床要控制浇水，特别是连阴天时不要浇水。对沤根较轻的瓜苗，应加强中耕松土，提高苗床温度，或者结合中耕松土在瓜苗根部撒上1：5的草木灰、细干土吸湿。 
    烧根也是一种生理病害。发生烧根时，根系发黄，不发新根，但不烂根，地上部生长缓慢，植株矮小脆硬，形成小老苗。烧根主要是施肥过多及土壤干燥造成的。苗床土中施用没有充分腐熟的有机肥，或者有机肥、化肥不与床土充分混合，都易发生烧根。因此，配制苗床土时，用肥量要适当，特别是不要使用化肥过多，一定要用充分腐熟的有机肥；各种肥料要与床土充分拌匀。苗床浇水要适宜，注意保持湿润，勿使苗子因床土缺水而烧根。已经发生烧根时要适当增加浇水量，降低土壤溶液浓度。浇水后应十分重视苗床的温度变化，晴天白天尽量加大通风量，以降低苗床内湿度；夜间则应当以保温为主，适当提高床温有利于根系恢复生长，促发新根。浇水以湿透床土为宜，防止浇水过多和床土长期过湿。因这时苗根已十分衰弱，如果浇水过多或床土长期过湿，有可能导致瓜苗发生沤根，而无法救治。