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根系由乳白色变成红褐色，不发新根，停止生长，植株生长缓慢，幼苗萎蔫。主要是由床土温度低、湿度大所致。在连阴雨天的环境条件下更容易发生烂根。另外，连作地块也易引发西瓜烂根。
预防措施：改善育苗的环境条件，在早春最好采用电热温床或生物酿热温床育苗；控制浇水，尤其是阴雨天不浇水；对烂根较轻的瓜苗，可通过苗床松土，撒施草木灰等方法增温、降湿，以利于瓜苗尽快复壮生长；在瓜苗发出新根后，浇施4000倍的802与100倍的尿素混合液，促进西瓜根系生长发育。
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