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1、选用生产上抗玉米丝黑穗病强的玉米品种。
2、玉米丝黑穗病是苗期侵染病害，最有效的预防方法是播前采用药剂拌种。应选用具有防丝黑穗病作用及防治效果好的种衣剂包衣种子。如不是包衣种子，播前须用50%的多菌灵可湿性粉剂或40%的拌种可湿性粉剂，按种子重量的0.5%拌种。也可“速保利”、“立克秀”等药剂拌种。
3、适期播种，依据土壤墒情、温度、品种等灵活掌握玉米的适宜播种时间。玉米播前要晒种，以提高玉米的发芽势。播后覆土一致，不宜过深。
4、玉米苗期至起身前要经常观察玉米田，发现病株要及时连根拔除，带出田外，进行深埋处理或焚烧，不能沤肥或用作牧草，因牲畜取食后排泄物中带菌。
5、对发病重的地块，建议合理安排非寄主作物轮作倒茬2-3年。
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