根瘤菌剂是种植豆科作物的主要菌性肥料，因为它里面含有大量、活体的根瘤菌，人们称它为活肥料。根瘤菌剂最早于1896年在欧洲问世。目前根瘤菌剂的生产既有工业化的生产方法也有花钱少的简易生产方法。工业化生产根瘤菌肥，技术比较复杂，投资较多。由于工业生产的根瘤菌剂还不够普及。采用简单易行的干瘤法和鲜瘤法也可收到事半功倍的效果。
　　干瘤法。豆科作物的盛花期，是根瘤菌活动和繁殖最旺盛的时期。这时在高产田里，选择健壮的植株，连根挖出，不伤根瘤，用水轻轻冲去泥土，挑选主根和支根上聚集的许多大个、粉红色根瘤的植株，剪去枝叶、须根和下部的支根，挂在背阴通风处阴干，之后放在干燥处保存。翌年播种时，用刀割下根瘤，放在瓷罐内捣碎，加上少许凉开水搅拌均匀，即可拌种。一般每亩地约用5~10株的根瘤就够了。
　　鲜瘤法。在大田播种前50天左右，在塑料大棚或温室内提前育苗，育苗的大豆最好用干瘤法得到的根瘤（或根瘤菌剂）拌种，或在出苗一周左右追施一次根瘤菌肥，以促其根瘤长得好。苗床面积可以按需要的根瘤数量来定。待大田播种时，把正在生长的豆科作物连根挖出来，选大个儿、粉红色的根瘤，捣碎后再加上些凉开水，就可以拌种了。每亩地用7~10个大根瘤即可。
　　施用根瘤菌剂要确保其增产效果，必须注意以下几点：根瘤菌剂专一性。种植什么样的作物，都要选择与作物相对应的根瘤菌，不能乱了系统。如大豆根瘤菌只能在大豆、黑豆、青豆的根部侵入形成根瘤。要根据根瘤菌的特性创造良好的土壤环境条件。要处理好根瘤菌与豆科植物的共生关系。配合微量元素及其它菌肥使用。由于紫外线能杀死根瘤菌，所以拌种时，宜在阴凉处，避免阳光直接照射。