在绿色食品生产中，肥料使用必须满足作物对营养元素的需要，使足够数量的有机物质返回土壤，以保持或增加土壤肥力及土壤生物活性。所有有机或无机（矿质）肥料，尤其是富含氮的肥料应对环境和作物（营养、味道、品质和植物抗性）不产生不良后果方可使用。
　　生产AA级绿色食品的肥料遵循如下原则：
　　1、禁止使用任何化学合成肥料。
　　2、禁止使用城市垃圾和污泥、医院的粪便垃圾和含有害物质（如毒气、病原微生物、重金属等）的垃圾。
　　3、生产者因地制宜采用秸杆还田、过腹还田、直接翻压还田覆盖还田等形式。
　　4、利用覆盖、翻压、堆沤等方式合理利用绿肥。绿肥应在盛花期翻压，翻埋深度为15cm左右，盖土要严，翻后耙匀。压青后15-20天材能进行播种或移苗。
　　5、腐熟的沼气液、残渣及人畜粪尿可用作追肥，严禁施用未腐熟的人粪尿。
　　6、饼肥优先用于水果、蔬菜等，禁止施用未经腐熟的饼肥。
　　7、叶面肥料质量应符合GB/T17419，或GB/T17420，或附录B中B3的技术要求，按说明稀释，在作物生长期内喷施2-3次。
　　8、微生物肥料可用于拌种，也可用作基肥和追肥使用。使用时应严格桉照使用说明书的要求操作。微生物肥料中有效活菌的数量应符合NY227中4.1及4.2技术指标。
　　9、选用无机（矿质）肥料中的煅烧磷酸盐、硫酸钾，质量应分别符合农业标准NY/T394-2000附录B中B1和B2的技术要求。
　　生产A级绿色食品的肥料遵循如下原则：
　　1、禁止使用硝态氮肥。
　　2、化肥必须与有机肥配合施用，无机氮下有机氮之比不超过1：1，例如，施优质厩肥1000kg加尿素10kg(厩肥作基肥、尿素可作基肥和追肥用)。对叶菜类最后一次追肥必须在收获前30天进行。
　　3、化肥也可与有机肥、复合微生物工程肥配合施用。厩肥1000kg，加尿素5-10kg或磷酸二铵20kg，复合微生物肥料60kg（厩肥作基肥，尿素，磷酸二铵和微生物肥料作基肥和追肥用）。最后一次追肥必须在收获前30天进行。
　　4、城市生活垃圾一定要经过无害化处理，质量达到GB8172中1.1技术要求才能使用。每年每亩农田限制用量，粘性土壤不超过3000kg，砂性土壤不超过2000kg。
　　5、若秸秆还田，可施用少量氮素化肥调节碳氮比。
　　6、生产者还应遵循生产AA级绿色食品的肥料遵循如下原则中的4至9条。
　　此外，生产绿色食品的农家肥料无论采用何种原料（包括人畜禽粪尿、秸秆、杂草、泥炭等）制作堆肥，必须高温发酵，以杀灭各种寄生虫卵和病原菌、杂草种子，使之达到无害化卫生标准。农家肥料，原则上就地生产就地使用。外来农家肥料应确认符合要求后才能使用。商品肥料及新型肥料必须通过国家有关部门的登记认证及生产许可证，质量指标应达到国家有关标准的要求。因施肥造成土壤污染、不源污染，或影响农作物生长、农产品达不到卫生标准时，要停止施用该肥料，并向专门管理机构报告。用其生的食品也不能继续使用绿色食品标志。