沤根和僵苗问题是西瓜苗期易出现的两种生理病害。瓜苗发生沤根后，根部不发新根或不定根，根皮发锈后腐烂，造成地上部萎蔫，叶缘枯焦。一般持续过低的地温加上浇水过量或遇阴雨天气，苗床温度过低，就易发生沤根；僵苗则表现为幼苗生长量小，展叶慢，叶片灰绿增厚，子叶和真叶变黄，根发黄。瓜农要想防治生理性病害，就要控制好育苗环境，一是育苗的床土要选用新土，配制营养土的肥料要充分发酵腐熟；二是育苗的温度最好控制在28℃～30℃，夜间不低于18℃；三是苗床白天应加强通风换气，夜间做好保温。尤其在低温阴雨，光照不足时，更要把握好温度，保证育苗的昼夜温差在5℃～8℃之间；四是苗期水分管理应根据苗床湿度和天气而定，严防大水漫灌。
　　苗期非生理病害，猝倒病、立枯病和果斑病发生的几率相对较高。西瓜幼苗根茎部有水浸状病斑，之后病部逐渐变成黄褐色干枯收缩，往往子叶尚未凋萎，幼苗即突然倒地的现象，就是典型的猝倒病。立枯病多在床温较高时或育苗后期发生，主要危害幼苗茎基部或地下根部。瓜苗患病初期在茎基部出现椭圆形暗褐色病斑，逐渐向里凹陷，扩展后绕茎一周，致茎部萎缩干枯后瓜苗死亡。防治这两种病害应要做好苗床和营养土的药剂处理，一般每平方米苗床用40%多菌灵或50%福美双可湿性粉剂15～20克，与苗床土混匀。如苗床内已发现病苗，应及时拔除，并在苗床上撒干草木灰，立即喷药防止蔓延。