安全、无污染是无公害果品的一个重要指标，在果树生产中，农药和肥料是造成果品污染、影响果品食用安全的主要原因。在无公害果品生产中，应严格控制农药和肥料的投入，一旦发现污染，果品达不到卫生标准的要求，要立即取消无公害果品生产基地的认证证书，其果品不能继续使用无公害食品标志。
　　一、农药的使用原则
　　无公害果品的病虫害防治应以改善果园生态环境、加强栽培管理为基础，优先选用农业防治、人工防治和生物防治，注意保护和利用天敌，充分发挥天敌的自然控制作用，有选择性地使用化学农药，改进施药技术，*限度地减少农药的使用量和使用次数。
　　(一)禁止使用的农药
　　无公害果品生产中禁止使用剧毒、高毒、高残留农药和致畸、致癌、致突变农药。根据中华人民共和国农业部第199号公告(2002年5月20日)，国家明令禁止使用六六六、滴滴涕、毒杀芬、二溴氯丙烷、二溴乙烷、杀虫脒、除草醚、艾氏剂、狄氏剂、汞制剂、甘氟、毒鼠强、氟乙酸钠、毒鼠硅、砷类、铅类等18种农药，并规定甲胺磷、甲基对硫磷、对硫磷、久效磷、磷铵、甲拌磷、甲基异柳磷、特丁柳磷、甲基硫环磷、治螟磷、内吸磷、克百威、涕灭威、灭线磷、蝇毒磷、地虫硫磷、氯唑磷、苯线磷等19种农药不能在果树上使用。另外，无公害果品的产品标准中还规定倍硫磷、马拉硫磷不得检出。
　　(二)允许使用的农药
　　1、生物源农药：
　　(1)微生物源农药。
　　农用抗生素：防治真菌病害的灭瘟素、春雷霉素、多抗霉素(多氧霉素)、井岗霉素、农抗120、中生菌素等；防治螨类的浏阳霉素、华光霉素等。
　　活体微生物农药：真菌剂(如蜡蚧轮枝菌)、细菌剂(如苏云金杆菌、蜡质芽苞杆菌)、拮抗菌剂、昆虫病原线虫、微孢子、病毒(如核多角体病毒)。
　　(2)动物源农药。昆虫信息素或昆虫外激素(如性信息素)、活体制剂(如寄生性、捕食性天敌动物)。
　　(3)植物源农药。杀虫剂(如除虫菊素、鱼藤酮、烟碱、植物油)、杀菌剂(如大蒜素)、拒避剂(如印楝素、苦楝、川楝素)、增效剂(如芝麻素)。
　　2、矿物源农药：
　　(1)无机杀螨杀菌剂。硫制剂(如硫悬浮剂、可湿性硫、石硫合剂)、铜制剂(如硫酸铜、王铜、氢氧化铜、波尔多液)。
　　(2)矿物油乳剂。如柴油乳剂等。
　　3、部分化学农药：
　　(1)昆虫生长调节剂。灭幼脲类(如除虫脲、灭幼脲3号)、酰基脲类(如卡死克)、扑虱灵(又称优得乐、环烷脲)。
　　(2)选择性杀虫、杀螨剂。抗蚜威(又称辟雾蚜)、吡虫啉(又称蚜虱净、灭虫精)、螨死净(又称阿波罗、死螨嗪)、尼索朗、三唑锡(又称倍乐霸)。
　　(3)选择性杀菌剂。多菌灵、代森锰锌、大生M-45、喷克、扑海因(又称异菌脲)、三唑酮(又称粉锈宁、百里通)。
　　(三)病虫害防治原则
　　1、重视果树发芽期的化学防治：
　　果树萌芽期，在树体上越冬的大部分害虫已经出蛰，并上芽为害。此时喷药治虫有四个方面的优点。一是大部分害虫都暴露在外面，又无叶片遮挡，容易接触药剂。二是经过冬眠的害虫，体内的大部分营养已被消耗，虫体对药剂的抵抗力明显降低，触药后很容易中毒死亡。三是天敌数量较少，喷药不影响其种群繁殖。四是省药省工。
　　2、果树生长前期不用或少用广谱性杀虫剂：
　　果树生长前期是害虫发生初期，也是天敌数量增殖期。在这个时期喷施广谱性杀虫剂，虽能消灭害虫，但也消灭了天敌，而且消灭害虫的比率远远小于天敌，往往使天敌一蹶不振，其种群在果树生长期难以恢复。事实证明，果树生长前期少喷或不喷广谱性杀虫剂，有利于保护天敌，能够将害虫密度控制在不造成经济损失的水平上。
　　3、推广使用生物杀虫剂和特异性杀虫剂：
　　生物杀虫剂和特异性杀虫剂对人、畜毒性极低，在植物体内容易降解，无残留，对天敌昆虫比较安全。目前，我国在果树害虫防治上用得较多的生物杀虫剂和特异性杀虫剂主要有华光霉素、浏阳霉素、苏云金杆菌、白僵菌、灭幼脲3号、杀铃脲等。
　　4、改变施药方法：
　　化学农药的施用方法主要是喷雾。对于害虫来说，如果根据其生物学习性，采用其他施用方法如地面施药、树干涂药等，就会减少对非目标生物的影响。地面施药已成为防治桃小食心虫的主要措施，树干涂药是防治刺吸式口器害虫如蚜虫的有效方法。
　　二、肥料的使用原则
　　无公害果品生产中，应根据土壤肥力和树种的需肥规律，确定施肥种类和施肥量，提倡配方施肥。施肥应以有机肥为主，化肥为辅。商品肥料必须通过国家有关部门的登记认证及生产许可，质量指标应达到国家有关标准的要求。禁止使用未获准登记的化学合成肥料产品，确保所使用的肥料不对果品和生产环境产生不良影响。
　　(一)禁止使用的肥料
　　1、未获准登记认证及生产许可的肥料产品。
　　2、含氯复合肥和硝态氮肥(如硝酸铵等)。
　　3、未经无害化处理的城市垃圾或含有重金属、橡胶和有害物质的工业和生活废物。
　　(二)允许使用的肥料
　　1、有机肥料：
　　系指含有大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质的肥料。
　　(1)农家肥。包括堆肥、沤肥、沼气肥、绿肥、泥肥、饼肥、作物秸秆等。
　　(2)有机商品肥。包括氨基酸类肥、腐殖质类肥、有机复合肥、有机叶面肥、微生物肥等。
　　(3)其他有机肥。不含化学添加剂的食品和纺织工业的有机副产品、不含防腐剂的鱼粉、牛羊毛废料、骨粉、骨胶废渣、氨基酸残渣、家禽和家畜加工废料等，经过加工制作，质量达到国家有关标准的要求。
　　2、无机肥料：
　　(1)矿质肥。煅烧磷酸盐、硫酸钾等。
　　(2)化肥。通过国家有关部门的登记认证及生产许可，质量指标应达到国家有关标准的要求，确保不对果品和生产环境产生不良影响的化学合成肥料。
　　(三)肥料使用原则
　　1、提倡使用有机肥料、商品有机肥料、微生物肥料。在禁止使用含氯复合肥和硝态氮肥的前提下，允许按如下两条原则使用化学肥料。
　　(1)化肥必须与有机肥配合施用，无机氮施用量不宜超过有机氮用量。
　　(2)化肥也可与有机肥、复合微生物肥配合施用，配方为厩肥1000kg、尿素5--10kg或磷酸二铵20kg、复合微生物肥料60kg，最后一次追肥必须在收获前30天进行。
　　3、禁止使用未经无害化处理的城市生活垃圾和工业废物。城市生活垃圾和工业废物一定要经过无害化处理，质量符合GB8172要求才能使用。每年每公顷果园限制用量，粘性土壤不超45000kg，砂性土壤不超过30000kg。
　　4、农家肥料原则上就地生产就地使用，外来农家肥料应确认符合要求后才能使用。农家肥料无论采用何种原料制作堆肥，必须高温发酵，以杀灭寄生虫卵、病原菌和杂草种子，使之达到无害化卫生标准。对于高温堆肥，要求堆肥温度最高达50--55℃，持续5--7天；蛔虫卵死亡率95％--100％；有效地控制苍蝇孳生，肥堆周围没有活的蛆、蛹或新羽化的成蝇。对于沼气发酵肥，要求密封贮存期30天以上；高温沼气发酵温度53±2℃，持续2天；寄生虫卵沉降率95％以上；粪液中不得捡出活的血吸虫卵和钩虫卵；沼气池残渣经无害化处理后方可使用。