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水层与病虫害的发生关系密切。水稻幼苗期间水层较深时往往导致水稻绵腐病和苗期稻瘟病的发生，水稻负泥虫多发生在深水处，潜叶蝇、负泥虫的幼虫都是趋水性的。稻瘟病的孢子也有一部分是借水流动而传播的。许多病虫害的发生都与水稻株行间湿度在70%以上发病较严重，纹枯病在高湿条件下发病加重。害虫如三化螟、稻苞虫、稻飞虱、叶蝉等卵孵化率的高低，为害时间的长短，一般都与温湿度条件有关。而这些条件除了受天气的影响外，主要受灌水的影响。所以根据气候及其他条件适当的调控水层，采取相应的灌溉措施，对减少病虫害的发生和蔓延能起到一定的作用。
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