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大豆菌核病多发生在7月到成熟前，发病的症状是茎基部首先出现湿润状绿色病斑，很快扩大，然后在病斑处长出绵毛状菌丝体，表皮破裂成麻状，茎秆内及表面产生黑色鼠粪状“菌核”，此病特别在阴雨多湿、植株种植过密或连作情况下，发病更重，次病主要以菌核在土壤中，或在种子中越多，第二年在适宜温度及多湿条件下长子囊盘，孢子随风传至大豆植株进行初次侵染，后再从病斑长出菌丝体造成重复侵染。
发生次病后可每公顷用40%菌核净可湿性粉剂1500-2250克兑水450-600公斤喷雾，或每公顷用50%多菌灵可湿性粉剂500-600克兑水450-600公斤喷雾，为了有效地预防大豆菌核病，在播种前选种子时注意清除混在种子中的菌核，在发病地块上将大豆植株烧毁，实行深翻，把菌深埋于地下，实行合理的轮作，尽量避免重迎茬。
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