所谓微生物肥料，是指一类含有活的微生物，并通过微生物的特定作用给植物提供营养、调节植物生长的特定制品，应用于农业生产中能够获得特定的肥料效益，可作为化学肥料的有益补充。主要有三大优势：　　
　　一、改善土壤肥力这是微生物肥料的主要功效之一。如：各种自生、联合或共生的固氮微生物肥料，都可以增加土壤中氮素的来源；有溶解磷钾作用的微生物，可分泌多种有机酸，有机酸通过螯合作用可促使难溶性磷及封闭态钾的释放；根际微生物还可以分泌一些诱导物提高土壤酶活性，有利于根际土壤养分的转化，便于植物对营养物质的吸收利用。　　
　　二、协助农用物吸收养分根瘤菌肥是微生物肥料中重要的一种，它可以侵入豆科植物的根部，在根部形成根瘤，根瘤将空气中的氮转化为氨，供给作物营养。　　菌根对磷元素的吸收最为明显，对土壤中活性差、移动性缓慢的元素如锌、铜、钙等也有加强吸收的作用。　　
　　三、增强植物抗病和抗逆能力有些微生物肥料施入土壤后，可在作物根部大量生长繁植，成为作物根际的优势菌，它们所产生的屏弊作用，有利于抑制病原微生物增殖，增强植株抗病能力。有些微生物肥料如菌根真菌施入土壤后，在作物根部大量繁殖的菌丝除了有益于作物对营养元素的吸收外，还可增加对水分的吸收，从而提高作物抗旱能力。