由于韭菜连茬栽培以及温棚适宜的环境条件，使韭菜病虫害发生逐年加重(如韭蛆、灰霉病、疫病等)，常规控制手段往往采取化学药剂防治法，尤其是对难于控制的韭蛆的防治，滥用高毒、剧毒和高残留农药的现象普遍存在，其结果不仅导致病虫抗性增加、韭菜减产降质，而且埋下了食用隐患。经过研究和实践，总结出一套无公害韭菜病虫害农业防治防治技术措施，供参考。
　　选用抗病品种
　　选择丰产性好且又较抗病的韭菜品种，可根据当地情况灵活选用。
　　实行轮作倒茬
　　葱、蒜、韭菜类蔬菜发生的病虫害相似，容易相互侵染，所以韭菜播种或移栽时，前茬若是葱、蒜类蔬菜，则地下害虫尤其是韭蛆多，同时也会使菌源累积，加重病害发生，必然造成韭菜出苗串低，生长势差。因此要尽可能将韭菜(包括葱、蒜类)与其它蔬菜进行轮作，轮作年限应在3年以上。
　　精心整地和根际覆土
　　韭菜不耐水涝，因此整地要求地面平整，避免根际低洼积水。完全露地韭菜田，结合韭菜自身生理特点和肥水管理，在韭菜根部培1~2厘米的细沙土1~2次，可使韭菜“根白”高度年增加0.5厘米以上，还可阻止韭蛆成虫在韭菜根际土缝中产卵。保护地拱棚韭菜一般在扣棚前覆土1次即可。
　　灌水灭虫
　　露地韭菜在春、秋两季韭蛆幼虫发生时连续浇水淹没根系2~3天；拱棚韭菜，分别在11月下旬和次年3月初进行冬灌、春灌。韭蛆发生严重的田块，灌水量要淹没垄背，可明显减轻危害。灌水时若结合用药，效果更好。
　　合理施肥
　　韭菜是喜肥作物。但是若大量施用化肥会引起偏氮徒长，从而降低抗病性。因此，施肥上应该以施用优质腐熟的有机粪肥、饼肥或生物菌肥为主，补施化肥为辅，施化肥时要施用氮、磷、钾复合肥，并适量施用微量元素肥料，培养健壮根株，以提高棺株抗病虫能力和增加商品性。
　　清洁田园
　　韭菜灰霉病、疫病的流行条件是高湿低温，因此，拱棚栽培应加强管理，及时通风换气，严格控制温、湿度，尽量保温和降低湿度。通风量要根据棚温和韭菜长势确定，刚割过的韭菜或外界温度低时，通风要小或延迟，严重防扫地风。另外，为降低棚内湿度，减轻病害发生，应结合施用烟剂和粉尘剂，尽量减少液剂的使用次数。