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目前，新疆天然彩色棉花研究所通过转基因和克隆技术，获得了当代表达的红、蓝、黑3个彩色棉花新品系的纤维化种子。
据悉：从2002年开始，新疆中国彩棉股份有限公司与中国科学院、中国农业大学等多家科研单位，在海南岛开展彩色棉花色素基因的转导工作。科研人员在上万朵转导花铃中，获得了当代表达的几粒红、蓝、黑纤维变化种子。目前这3个品系还存在色素表达不均匀和不能遗传后代的问题。这个难题解决后，我国彩棉品系将会更加丰富多彩。
天然彩色棉花是采用杂交、基因转导等现代生物工程技术，培育出的一种在吐絮时就具有棕、绿等色彩的棉花，用其纺纱织布，可以免去繁杂的印染工序，降低生产成本，减少化学物质对人体的伤害。从20世纪60年代起，一些国家相继开展彩色棉花品种的选育。目前世界上大面积种植的彩棉品种只有棕色和绿色两个基本类型，并根据色泽深浅度不同，把棕色棉花分为棕红、粉红、褐色、黄色、淡黄色等，把绿色棉花分为蓝色、淡蓝、浅灰、米色等.
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