新疆哈密瓜主病害有疫霉病和霜霉病，白粉病。细菌性叶斑病、蔓枯病、病毒病和列当。防治的主要措施及药剂如下： 
　　一、疫霉病（死秧、枯萎、烂瓜）
　　（一）选用抗病品种
　　（二）采用中沟（15—20cm）高畦(0.4—05cm)，距畦边0.08—0.1cm播种或移根。
　　（三）禁淹灌、连灌、串灌和积水，6—7月水位线为畦壁1/2 —2/3。
　　（四）病前或病初用乙磷锰锌，敌克松、福美双、克霉星、甲霜灵500倍液灌根，用量0.3—0.5公斤/株，7—10天一次，灌2—3次。
　　二、霜霉病（黄斑、叶枯、距马干）
　　（一）选用抗病品种
　　（二）瓜秧通风透光，控制浇水，减少田间湿度和结露。
　　（三）发现初发病斑及时用70%乙磷锰锌，72%克霉星，70%的白菌通400倍或克抗灵，克露600—800倍液喷雾。
　　三、细菌叶斑病（白斑、角斑、烂瓜）
　　（一）种子用55℃温水浸种20分钟或福尔马林（甲醛）200倍液，浸种2小时后再用清水洗2—3次。
　　（二）拨除早期病株或病叶。
　　（三）发病前用50%DT500倍液或60%白菌通(DTM)600倍液，或70%敌克松500倍液，或农用链霉素，新植霉素250ppm喷雾。
　　四、白粉病
　　（一）选用抗病品种
　　（二）用15%或20%粉锈宁500—1000倍喷雾，或40%多硫胶悬剂1000倍，或硫磺粉或晶体石硫合剂，敌力脱防治。
　　五、病毒病（小叶、花叶、畸瓜）
　　（一）瓜地远距菜地、忌重茬，采用地膜，扣棚，早熟栽培，加强苗期水肥管理，促进前期哈密瓜的生长发育。
　　（二）及时拨除早期病株。
　　（三）发现蚜迁入时，喷20%杀灭菌酯3000倍液或2.5%敌杀死2500倍液，再用1：5的乐果或乙酰甲胺磷涂茎基灭蚜。
　　六、列当
　　（一）实行轮作，在列当开花前铲除花茎，避免结籽传播。
　　（二）切除地面花茎，茬口滴石油或撒尿素5—16粒，或浇饱和盐水。
　　（三）用都尔、单甘膦水剂（1：3：4）涂抹列当植株。
哈密瓜主要害防治措施如下：
　　一、蝼蛄、金针虫、地老虎等
　　发生时间为4月中旬至5月上旬，防治方法为：播种前后，盖地膜前，在两个播种穴之间挖一小坑撒入毒饵，毒饵配方：100公斤炒熟的麸皮中，加敌白虫0.5公斤，以适量的水拌匀。
　　二、种蝇、金针虫、跳虫甲、蓟马等
　　发生时间为5月份，防治方法为：喷洒敌百虫或敌敌畏1000倍液于幼苗及根茎周围。
　　三、蚜虫
　　发生时间为6月中旬，防治方法为：乐果或乙酰甲胺磷乳油，1份药水加水5份，用毛笔或小排笔将药涂于瓜秧基部长10cm左右处。
　　四红蜘蛛
　　发生时间为7—8月份，防治方法：喷洒乐果乳油800—1000倍液；73%克满特乳油1000倍液，石灰硫磺合齐波尔0.2—0.3，以上药剂可交替使用，在收获前15天应停止施药；20%的三氯杀满醇800—1000倍液喷洒。