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（1）品种多、乱、杂，种子质量差。近年来各地审定推广的品种较多。农民无法有效地掌握品种特性，面对纷乱复杂的品种，适宜品种往往无从选择。而部分种子经销商唯利是图，以推销利润大的种子为主，致使部分优良品种无法得到及时推广。市场上经销的部分玉米良种纯度低、芽率低。
（2）专用化程度低。缺乏高产、抗逆、适应性广的专用品种，不同品种交错混合种植、混收、混储，影响玉米商品品质的一致性。
（3）晚熟。一些品种熟期不当，不能正常成熟，收获时籽粒含水量高，灌浆不饱满，容重低，影响产量和品质。
（4）管理粗放。从事玉米生产的多为老人、妇女等，接受新技术能力弱，管理比较粗放。
（5）病虫害呈现加剧趋势。由于近年来气候变暖导致田间传毒害虫数量剧增。传播玉米粗缩病病毒的主要害虫灰飞虱在黄淮海及以南地区大量繁衍并安全越冬，致使田间虫口数量多，每年5月下旬至6月上旬，大量害虫从鲁南、苏北稻区及黄淮各小麦主产区向玉米田迁飞，导致处于幼苗期(7叶以前)的玉米感染粗缩病。另外，夏玉米生产季节高温、多湿，大小斑病、青枯病、玉米螟、蚜虫、红蜘蛛等病虫害发生加剧。
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