大棚西瓜育苗期，如果防病不及时最容易发生猝倒病危害，造成幼苗成片突然猝倒死亡，故在防治时应以预防为主，综合防治。
　　一、病害症状。西瓜幼苗被病菌侵染后，最初幼苗接近地面茎处出现黄色水渍状病斑，以后病部变黄褐色并迅速绕茎1周变为老皮而脱落，维管束缢缩似线状，幼苗猝倒死亡。苗床湿度大时，在病部处及周围的土面长出一层白色棉絮状菌丝体。 
　　二、发病原因。猝倒病为腐霉属、绵腐菌，长期于土壤中存活，是危害幼苗茎基的一种病害。当气温在10-15℃时，病菌孢子囊萌发成菌丝并从根、茎部传染侵害幼苗发病，亦可借雨水和灌溉等传播途径蔓延。苗床营养土消毒不当，棚内湿大温低，白天光照弱时，病菌活动繁殖快，十分有利猝倒病发生，营养钵间距过于稠密，幼苗生长不良等，亦利病害侵染。
　　三、防治措施
　　1、药剂浸种。播种前用50％多菌灵可湿性粉剂800倍液浸种6-7小时，然后催芽播种。  
　　2、营养土消毒。用70％敌克松可湿性粉剂500克，加营养土100千克，均匀配制堆放24小时后装钵，能有效杀灭土中病菌。 
　　3、药土盖种。播种后选用50％多菌灵500克或40％五氯硝基苯粉剂200克，加细干土100千克，配制毒土覆盖1厘米厚，能有效防治出苗期间的病菌侵染。 
　　4、加强苗床管理，培育壮苗。幼苗出土适宜土温为20-25℃。大棚内，白天气温要控制在25℃左右，夜间要控制在16℃以上，幼苗齐后要控制浇水量，保持土壤含水量在45％左右或幼苗叶片不萎蔫为宜，幼苗出现拥挤徒长，要及时重新调好苗钵间距，使能充分受光健壮生长，幼苗3片真叶要及时用氮磷肥稀释300倍液叶面喷施，7-10天喷1次，连喷3次，促进幼苗茎基部木质化快速形成，增强抗病力。幼苗移植前 5天要及时降温炼苗。  
　　5、苗期喷药。齐苗后要及时选用 64％杀毒矾可湿性粉剂500-600倍液喷雾，亦可选用25％瑞毒霉可湿性粉剂600倍液喷雾，防止病菌侵害。幼苗后期猝倒病和立枯病若同时发生，可选用 72％普力克加50％福美双可湿性粉剂 800倍液喷雾；亦可用75％百菌清可湿性粉剂加绿亨3号800倍液喷雾，7-10天喷1次，连喷3-4次，最好与叶面喷肥同时进行，以减轻大棚湿度。西瓜苗移植前2天，再用绿亨3号防治1遍，确保洁苗移植。