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秋季蔬菜苗床消毒，有提高成苗、培育壮苗、降低病虫基数、减少用药对环境污染的效果。
高温消毒法 高温消毒是投资省、不产生药害、农户易掌握的一种方法。在育苗前夕，抢晴天对苗床深耕晒田2－3天，再将地整平，铺黑、白膜，利用中午的强光和高温烤苗床2－3天，使苗床温度达到50℃以上，杀死土中病虫。
药物喷洒法 每平方米用72.2%普力克水剂6－8毫升，或50%多菌灵可湿性粉剂８克，或将多菌灵配成1000倍液，按1000公斤营养土用50－60克多菌灵的比例进行喷洒，喷洒后用膜密封2－3天，可杀死土中多种病菌。
毒土法 （1）耕地后，每平方米苗床用10克杀毒矾拌细土10公斤撒在土壤中，半个月后再整地。（2）每平方米苗床用50%多菌灵10克拌干细土，播种时，将其中的1/3作垫籽土，种子夹在中间，余下的2/3作盖籽土，然后浇适量水，做到洒水不见水，保持土壤湿润，以免过干产生药害，过湿降低药效。以上两种方法用于杀菌，可任选一种，按标准用药，规范操作。（3）针对苗床易发生蝼蛄、蚯蚓、鼠害的情况，在苗床填营养土前，每平方米苗床可用2.5%敌百虫粉4－5克加细土0.5－1公斤撒入苗床，以消灭地下害虫。
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