1果形上的生理病害甜瓜一般在果实似鸡蛋大小时进行疏果，留果形好的，摘除果形差的。在以后的生长发育过程中，常出现下列几种变形果。
　　1.1肩果靠近果梗的部分发育不良，形似圆形葫芦，商品价值较低。产生此类瓜的原因：一是生长过程受到外力影响：二是发育时缺少钙；三是结果后追肥造成长势过旺；四是同一枝两果间隔较短；五是使用激素不当。防治：温室中2.4—D的使用浓度小于使用说明浓度，追施复合肥和叶面磷肥，肥料1次施用量应少，防止枝蔓缠住或外力压迫幼瓜。
　　1.2棱角果沿心室在果实的表面上有棱角状的筋突起，原因是由于果实膨大后期阶段，营养条件不均衡，膨大受到阻碍而形成。使用激素的后效作用也易造成。防治：尽量使养分保持平衡，对网纹形甜瓜，当果实出现网纹后，土壤水分要较正常情况下略低。
　　1.3纵长果和扁平果，对于圆形厚皮甜瓜来说，形成纵长和扁平果是经常见到的，主要是开花后半个月左右，网纹甜瓜前期生长良好，而后期长势差造成的，同时，一部分下位节花小，易产生扁平果；上位节的花大，易产生纵长果；此外，高温多湿的情况下，易产生扁平果；由于温度低易产生纵长果；激素使用浓度高，也易产生扁平果。因而，应提前使用激素处理花梗，而不直接处理雌雄蕊。
　　1.4肚脐凸出果，胖肚果和小果甜瓜果实的花很大，并从肥大的果实中凸出出来，棚内种植的甜瓜发生较少，大田中发生较多。大田中由于雨季开花迟，从开花时开始凸出，花果蓄生处不易脱落，而形成的凸出果较多。
　　在果实上靠近果顶的部分膨大不良，果实下部较大，形成胖肚果，与开花时授精程度差，坐果时土壤较干燥有关。
　　小果主要是正常个体小于常果，特别是低节位上早期结的果，由于长势弱，坐果数多而造成的。应适当减少坐果数，摘除多余的幼果。
　　2果面上看到的生理病害
　　2.1光头果网纹甜瓜不长网纹或部分不长网纹。原因是由于随着果实内部的发育，果实表面不硬化，或长成成果时，果实表面部分硬化。产生的原因是由于肥害，根蔓产生裂纹，特别是夏季栽培，高温、多湿，果实长速快，硬化延迟，而棚内光照不足，温度较低，昼夜温差小。所以棚内应控制10节左右坐果，开花后10～13天内空气适当干燥，加大昼夜温差，促使表面硬化。
　　2.2裂果部分网纹甜瓜在网纹出现时，裂痕太大，大部分发生于花痕处。一是愈伤组织发达，出现粗网纹，超过正常标准，随以后的生长而成为裂果。二是果实表面硬化太早，当内部急速生长时，发生裂纹。三是晴雨天交替频繁。四是一次浇水过多（特别是花后25天左右）。针对上述几种情况，应酌情处理，以防裂果的产生，商品价值降低，耐储性变劣。
　　2.3黄色斑一部分黄白皮无网型甜瓜，收获时，果实表面会产生黄色斑点，商品价值下降，此类病害是由于高温引起的。根系发育不良，枯叶数多，果实易被阳光直射。棚内栽培未经过嫁接的，易产生黄色斑果。
　　2.4绿条斑果从果梗附近开始产生5～8条呈放射状浓绿色条纹，颜色的程度大小不一。一部分由于遗传因子的作用，而多数是由于氮肥用量多，植株生长旺，连作，坐果少，嫁接砧木长势旺等原因形成的。
　　3果实品质上的生理病害
　　3.1发酵果把收获的果实切开，发现果肉呈水渍状腐烂，果品降低，失去商业价值。一般认为是缺钙，造成糖分积累少。同时与施用钾多，氮多有关。因此，施用肥料时，应以沤肥为主。并应加大速效磷肥的施用，应补充土壤中的有效钙离子。
　　3.2空心果切开果实，可看到果皮的部分空心，果肉白色，称作空心果。特别是开花后25天左右，土壤干燥，易失水形成空心果，此时的水分管理是很重要的。