由于超甜玉米植株含糖量较高，易受较多种类和数量的病虫为害，而且常常分期播种，病虫世代交替现象十分普遍，给防治带来一定的困难。因此，只有实施综合防治，才能有效控制病虫为害并降低污染和玉米农药残留量。
　　一、农业防治
　　1、精选种子选用饱满、均匀、无病虫的优良种子，才可以保证全苗、齐苗、壮苗，减少害虫为害时间。
　　2、实行轮作应尽量避免连作，前茬最好是瓜豆类、茄果类等与玉米亲缘关系较远的作物，前茬为水稻的田块要特别注意纹枯病的防治。
　　3、起畦种植华南地区降雨较多，起畦方便排灌，增强土壤透气性，有利于根系发育，减小病菌侵染机会。
　　4、适时播种根据当地气候条件及病虫发生规律，适当提前或延后播种，可以避免或减轻病虫的为害。
　　5、科学施肥生长期间特别是拔节以后过多施用氮肥会导致植株抗性下降，易感染纹枯病。因此要多施有机肥，合理增施磷钾肥，以提高植株抗性，改善果穗品质。
　　6、清洁田园彻底铲除田间及周边杂草，及时发现和摘除病叶，可减轻病虫为害和病毒的蔓延。
　　二、化学诱杀
　　1、毒饵诱杀用花生麸2.5公斤，炒香后拌入90%敌百虫晶体50—75克，喷水0.5—1公斤，边喷洒边搅拌。密闭半天后，于傍晚撒施到田间，可诱杀地老虎和蝼蛄等害虫。
　　2、毒菜叶诱杀播后出苗前，将切碎的青菜叶30—40公斤，用敌百虫1000—1500倍液浸泡几分钟，于傍晚撒施田间，可诱杀地老虎等害虫。
　　三、人工捕杀
　　早晚在田间发现有地老虎为害，即在被害株根际扒土捕杀；苗期有青虫咬吃叶片，可捏紧心叶压死害虫；粘虫、斜纹夜蛾幼虫在灌浆期为害果穗顶端，也可结合人工捕杀减轻为害。
　　四、生物防治
　　1、细菌治虫细菌农药高效BT乳剂、82612乳剂、7216粉剂1000倍液喷雾，对菜青虫、斜纹夜蛾等鳞翅目害虫有较好的防治效果。
　　2、病毒治虫菜青虫颗粒体病毒制剂防治菜青虫，杀虫见效慢，但毒杀力强，掌握在低龄期施药效果最好，每亩用12克。
　　3、利用赤眼蜂防治玉米螟赤眼蜂是一种卵寄生蜂，将卵产于害虫卵内，致使害虫不能孵化从而达到杀灭害虫的目的，在害虫产卵盛期每亩放蜂1.5—2万头，共2—3次，有明显的杀卵效果。