近年来，水产养殖技术向着高密度、集约化方向发展，给广大养殖户带来了可观的经济效益，但同时也造成养殖环境不断恶化，导致病原微生物种类增多和传播速度加快，病害发生日趋严重，给水产养殖业造成重大损失，已成为严重阻碍我国水产养殖业发展的制约因素。据不完全统计，每年全国发生中等程度以上的养殖病害面积占养殖总面积的15%～20%，产量损失超过100万t，造成经济损失170多亿元。目前病害控制的传统方法是使用药物防治，但药物大剂量重复使用，对养殖生态环境特别是微生态造成严重危害，影响了养殖业的可持续发展。
　　水产健康养殖内容十分丰富，包括优质的水源条件、健康的种苗、合理的放养密度、科学的水质管理等，目前能够取得显著成效的重点领域，就是渔用微生态制剂的推广应用。水产健康养殖是一个系统工程，其中对养殖水体水质的有效调控是一个非常重要的内容。传统的化学处理方法是用漂白粉、石灰、硫酸铜等化学物品灭藻，给养殖水体造成二次污染和难以修复的损害。微生物净化技术目前在国外已被广泛应用，效果显著，在我国应用于水产品健康养殖尚处于起步阶段。由于这一技术具有安全、高效、低成本和易操作等特点，符合环境保护和可持续发展的要求，必将成为解决我国养殖水体恶化问题的有效措施。
　　据专家预测，人类对水产品的消费量在今后15～20年将增加50%～60%。近年来，水产养殖业作为全球水产品供给量的主要生产方式，以其巨大的发展潜力迎合了人们对水产品不断增长的需求。但是由于水产养殖自身的生态结构和传统养殖方式的缺陷，使得大部分养殖存在着许多问题。如传统养殖方式虽可以通过增加养殖面积来增加养殖总量，但养殖效益已明显下降，水产品质量降低;养殖营养物的外排、化学药物的使用，造成水体自身污染、环境恶化;主要养殖品种病情严重且呈暴发性流行;在海水养殖业中，由于人为对滩涂和养殖海域的破坏，造成大面积赤潮，使得沿岸生态环境严重恶化，水域生物多样性减少等。有人曾做过统计，意外地发现我国赤潮发生的规律与对虾养殖产量成正比，而与全国废水排放量却没有相关关系。我国渤海湾是我国对虾养殖产区，近年来由于高密度的养殖造成养殖水体破坏，水体日益富营养化，赤潮发生频率升高，生态环境恶化，造成对虾和贝类养殖业的严重衰退。20世纪90年代初期，在全国暴发的对虾流行病给人们敲响了警钟。人们逐渐认识到了问题的严重性，开始探索新的养殖模式，研究新养殖技术、方法等来减轻养殖环境压力，维系水产养殖业的可持续发展，“健康养殖”这一概念被提出并付诸实施。