当前，尽管有关植物提取物对植物病原菌抗菌活性的研究较杀虫活性的研究少得多，但是，植物仍被认为是化学合成杀菌剂替代品最好的开发资源。
　　植物源杀菌剂是利用有些植物里含有的某些抗菌物质或诱导产生的植物防卫素，杀死或有效抑制某些病原菌的生长发育。植物体内的抗菌化合物是植物体产生的多种具有抗菌活性的次生代谢产物，包含了生物碱类、类黄酮类、蛋白质类、有机酸类和酚类化合物等许多不同的类型，如毛蒿素(Capillin)、皂角苷类(Saponin)。曾有人报道过1389种植物有可能作为杀菌剂。
　　植物防卫素指的是当植物体受病原微生物侵染后，由植物体合成并在植物体内积聚的化合物，如海红豆(ErythrinacristaGalliL.)中提取的紫檀素(Pterocarpans)，它们是植物体的应答反应。原白头翁提取液对小麦赤霉菌菌丝有较高的抑制率，不仅可抑制菌丝扩展，还可使病原菌碟上菌丝萎缩，91502-5制剂是由原白头翁提取液加工而成，其大田试验结果表明，该制剂具有较好的防治效果和明显的增产作用。黄连体内含有大量的生物碱，这些生物碱除对许多病原真菌的菌丝生长和孢子萌发有抑制作用外，对水稻白叶枯病菌也有很强的抑制作用。
　　植物源杀菌物质在自然界中广泛存在，是寻找理想杀菌剂的重要来源。从苦皮藤假种皮中分离鉴定出4种化合物，其中化合物II(lα、2α、4β、6β、8α、9β、13-七烃基-二氢沉香呋喃)有杀菌活性，对玉米小斑病菌孢子萌发的抑制毒力为169.29mg/L。从麻黄和细辛中提取的挥发油对植物病原菌等均有较强的抑制作用。厚朴叶粗提物对多种植物病原真菌有很强的抑制作用，在盆栽和大田试验中均表现出较高的防治效果。
　　银杏粗提液对多种果树病害具有一定的防治效果。以银杏中生物活性物质B的化学结构为模板，莱阳农学院仿生中心成功地合成了拟银杏杀菌剂——绿蒂，它对多种病原菌有显著的抑菌和杀菌作用。研究结果表明，毛金竹、毛竹、青皮竹、短穗竹等竹提取物表现出较强的抗真菌作用，72h对小麦赤霉病菌的菌丝抑制率均在80%以上。在对56种植物进行抑菌活性筛选表明，莴苣、苍耳、苦豆子等多种植物具有较强的抑菌作用。苦参提取物抑菌活性的研究表明，苦参乙酸乙酯提取物对多种真菌和细菌有显著的抑制作用，抑菌圈直径为10~42.nm。近年来，湖南用山苍籽油配制的乳剂，对茶树主要病害茶红锈病、茶黄萎病、茶云纹叶枯病和棉花枯萎病、黄萎病等有较好的防治效果。薄荷等粉碎物以土重0.5%~0.1%的用量处理严重感染棉花枯萎病的土壤，防效达43.9%~74.3%。烟草、茶饼、鱼藤、雷公藤等植物的提取物能抑制某些病菌孢子的发芽和生长，或阻止病菌侵入植株。另外，还发现许多植物具有较强的抑菌活性，如茶子、花椒、某些红树以及厥类植物等。
　　植物源抗病毒剂。植物病毒有"植物癌症"之称，目前已知的约有1000余种，在农业上具有很大的危害性，其危害程度仅次于真菌病害。据统计，全世界每年因植物病毒病害造成的损失就超过150亿美元。由于植物病毒大多具有绝对内寄生性和系统侵染性，所以，植物病毒病的防治较为困难。
　　从90种植物中筛选出小黎(Chenopodiumserotinum)和玉簪(Hostaplantainea)两种植物的抽提液对番茄花叶病毒病有一定的治疗作用；连翘、大黄、板蓝根的提取液对TMV具有稳定的疗效；大黄提取物不仅影响番茄植株内TOMV(番茄花叶病毒)的含量，还影响其症状表现。紫衫皮提取液对植物病毒具有较明显的抑制作用。据研究，由商陆、甘草、连翘等几种植物提取物配制而成的复配剂MH11-4对植物病毒有较好的防治效果。植物提取液虽对植物病毒有一定的防效，但因其成分复杂，受环境影响后作用机制相互制约，在实际生产应用上往往稳定性差。因此，要从植物中开发出安全、有效的抗病毒剂，还需对植物提取液中抗病毒活性物质以及其抗病毒作用机理等方面进行深入研究。
　　有的植物既抗真菌、又能抗细菌、杀线虫和其它害虫，可见植物源杀菌剂对靶标具有广谱性。杀线虫植物源包括大蒜(AlliumsativumL.)、穿心莲(AndrographispaniculataNess)、苦楝皮(AzadirachtaindicaAdr.Juss)、常春藤(HederahelixL.)、烟草(NicotianatabacumL.)等。抗细菌植物源包括大蒜(AlliumsativumL)、穿心莲(AndrographispaniculataNess)、荆芥(Fineleafschizonepeta)、洋葱(Alliumcepa.L..)、仙鹤草(AgrimoniapilosaLedeb..)、半枝莲(Scutel-laruabarbataD.)等。