薄皮甜瓜是雌雄同株异花作物雄花为单性，在主蔓第一节即可发生，单生或簇生，雌花在绝大多数品种中是雌型两性花，又称结实花，两性花的中央是柱头，周围着生3—5个雄蕊，花瓣为黄色、五裂、正常情况下有的甜瓜品种自花授粉率在85%以上，因此薄皮甜瓜杂交制种结实花必须去雄，这样才能保证种子的杂交率。
　　一、选地、施肥
　　薄皮甜瓜的制种田，应选择向阳坡，以砂壤土为*，保证8—9年的轮作。施农家肥8000kg/667平方米，钾肥30kg，二氨20kg。薄皮甜瓜制种田应用大垄种植二行，地膜覆盖。也可采用高畦，畦宽1.5m，栽种二行。垄作，每播种两垄空一垄，这样有利田间作业。
　　二、播种、育苗
　　种子播前处理，用1%的高锰酸钾浸泡10—15分，捞出，再用30—35℃温水浸种6—8小时，然后催芽。为使制种的薄皮甜瓜父母本花期尽量一致，采取错期播种，根据不同父本、母本的花期特点，父本较母本早播8—10天不等，必要时父本可增加拱棚保护，并增施肥水，促其生长，并有充足雄花供授粉用。父母本比数一般为1：20—30，即每20—30株母本种植一株父本。黑龙江地区5月中下旬露地直播。株行距35—65cm，每穴2—3粒种，有条件可在4月中旬育苗，苗龄30天左右，注意苗龄不要过长。
　　三、田间管理
　　植株3—4片叶摘心，母本子蔓长到4—5叶时摘尖，加速结实花的形成。父本摘心后任其生长。除草、整枝要及时，为使整枝伤口尽快愈合，避免病菌从伤口侵入，整枝应选在晴天、高温时进行，果实膨大期，浇膨大水。
　　四、病虫害防治
　　制种田在覆膜定植前，定植埯用多菌灵或枯萎灵溶液消毒，生长期注意防治白粉病、病毒病、杀灭蚜虫。不要使用对薄皮甜瓜敏感易产生药害的农药，如果田间发现枯萎病和病毒病的植株，要马上拔除，避免侵染其它健康植株。
　　五、杂交授粉
　　母本结实花去雄：在开花前1天下午，在母本结实花上方挂上一红标记，然后用镊子轻轻拔开花冠，除净雄蕊（切勿损伤柱头），套上纸帽，同时母本植株上的雄花要在蕾期全部去掉。
　　父本花粉采集：在开花前1天下午，采集父本植株上的花蕾，放在容器内，上面喷少许温水，盖上容器备用。
　　授粉：杂交当天，早6—10时，除去母本结实花上的纸帽，将上一天采集的父本花用镊子除去花冠，将雄蕊上的花粉涂抹在母本花柱头上，要轻轻均匀涂抹，避免擦伤雌蕊柱头，每一朵雄花可授3—4朵结实花，授粉后，套上纸帽，帽子大小要合适，防止过大易掉，过小易损伤花器，做好标记。适时授粉：刚开放的瓜花受精力最强，2小时后变弱，温度越高变弱越快，10时以后或母本柱头上出现油渍状粘液时受精力极差，所以要在此前结束授粉，且忌在母本柱头上出现油渍状粘液时授粉。为了提高杂交瓜的座瓜率，可在授粉后用500倍的座瓜灵喷洒在授粉瓜的瓜柄上，但浓度不宜过大，数量不宜过多，以免影响采种量。
　　六、采种
　　依照品种的成熟度适时采收种瓜一般比母本瓜正常成熟晚5—7天，将瓜瓤连同种子一起放入塑料袋、塑料桶、缸中，发酵2—3天，取出用淡水漂洗（不能用金属容器发酵种子，以免影响种子的颜色）将洗净的种子放在纱网或蓬布上晒干，晒干后的种子含水量应在8%以下。