进入21世纪以来，随着耕作制度多元化、栽培方式多种化、品种布局复杂化、农田生态多样化、冬季气候趋暖化，南方部分水稻产区不断扩散水稻黑条矮缩病，受害主要作物为单季杂交稻和杂交晚稻。目前在我省发生危害的水稻黑条矮缩病，其病毒是水稻黑条矮缩病毒和南方水稻黑条矮缩病毒，前者是以灰飞虱永久性传毒（一旦获毒，终身传毒，但不会经卵传毒），后者是以“灰飞虱＋白背飞虱，白背飞虱为主”传毒。种子不会传毒。
　　该病害开始零星发生，随着毒源的积累、传毒介体数量的增加，呈突然爆发的趋势。一般发病田块损失产量10%-20%，重者损失30%-80%，甚至绝产绝收，成为杂交水稻的灾发性病害，给水稻生产带来严重威胁。
　　杂交水稻黑条矮缩病的共同特征是：病株明显矮缩，分糵增多，叶色浓绿，叶片僵直，新叶有的出现扭曲皱缩。但在秧苗期、分糵期和抽穗期的症状表现各有特点。由于其发病症状、流行程度较上世纪60年代初发期有较大差异，故常被误诊为种子质量问题或除草剂药害，事实上它们是有区别的。
　　秧苗期症状：病株颜色深绿，心叶抽生缓慢，心叶叶片短小而僵直，叶枕间距缩短，其叶鞘被包裹在下叶鞘里，植株矮小，不能抽穗。而由除草剂引起药害的症状是枯黄；由植物生长调节剂引起药害的症状是扭曲；由杂交稻种性不纯引起的杂株在秧苗期一般看不出来。
　　分糵期症状：病株分糵增多丛生，上部数片叶的叶枕重叠，心叶破下叶叶鞘而出或从下叶枕口呈螺旋状伸出，叶片短而僵直，叶尖略有扭曲畸形。植株矮小，主茎及早生分糵尚能抽穗，但穗头难以结实，或包穗，或穗小，似侏儒病。而处于分糵期的药害植株，其所在叶片均叶形直立，心叶扭曲畸形，边缘白化；杂交稻种性不纯的杂株则生长比较正常，一般株形矮小。
　　抽穗期症状：全株矮缩丛生，有的能抽穗，但相对抽穗迟而小，半包在叶鞘里，剑叶短小僵直；在中上部叶片基部可见纵向皱褶；在茎秆下部节间和节上可见蜡白色或黑褐色隆起的短条脉肿；在感病的粳糯稻茎秆上可见白蜡状突起的脉肿斑。这是当前黑条矮缩病的最突出表现症状。