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隔离防混杂苦瓜是异花授粉作物，留种田附近最少需隔2公里以外，才能种其他苦瓜品种。否则不同品种之间容易自然串粉杂交，使留种混杂不纯。
人工辅助授粉苦瓜在开花期，遇上阴雨天气，不利于异花授粉，要进行人工辅助授粉，才能提高留种产量。
在旺盛结果期苦瓜留种应结合采果上市同步进行。当苦瓜初收2～3次后，开始进入旺盛结果期，便可进行留种。
选种株应选择生长健壮，无病虫害，结果多，瓜形端正，具有本品种特征的植株作留种株。
挑选种瓜要选择靠近基部的2～3个果作种瓜。将其余的幼嫩果实及早摘除，集中养分长种瓜。
适时采收当种瓜已充分成熟尚未转黄时便应采收，用刀剖开瓜蒂部深约5～7厘米，取出内部种子，果实仍可上市出售。此时瓜瓤已转鲜红色，即为成熟象征。
洗种与贮藏苦瓜种种子取出后，应随即用清水洗去种瓤，把种子摊开阴干后，装入疏布袋，放在通风干爽处贮存。也可把种子用玻璃盅盛装，先在玻璃盅里放入新鲜谷壳灰厚约3～5厘米，再放入种子，上面再用谷壳灰覆盖，然后放在阴凉通风处贮存。
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