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由于该病多发生于当年12月至次年的3-4月间，因此首先应当考虑用疫苗进行预防。
目前常用的疫苗多为轮状病毒、流生性腹泻二联苗，流行性腹泻、传染性胃肠炎、轮状病毒三联苗。由于该类疫苗产生免疫力需要一定时间，因此接种时间应尽量提前至每年的11月中旬左右。
目前使用的疫苗多为20头份/瓶，断奶仔猪、架子猪和育肥猪每头注射一个剂量，生产母猪每头注射2个剂量，可产生3-5个月的免疫力，保护整个冬季免受腹泻痛毒的侵害。防疫后应注意加强消毒，以防止在疫苗未产生作用时即被感染。
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