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为了杀死辣椒种子表皮病菌及钝化病毒，以达到减轻病害发生的目的，在种子浸种催芽前最好进行种子灭菌消毒。可采取如下方法：一是种子放入50~55℃热水中，恒温浸种15~20 分钟，并不断地搅动，待水温下降时加入热水，使水温保持在50~55℃之间，20分钟后加入冷水降到20~30℃。另一种方法时用10％磷酸三钠溶液浸泡 20分钟后用清水冲洗干净，种子消毒后，放入25℃左右水中。之后在室温下浸泡12小时左右，然后进行浸种催芽。
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