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柑橘病害种类很多，我国有记载的超过100种，常见的约50种，其中分布普遍、为害严重的传染性病害有黄龙病、衰退病、裂皮病、碎叶病、溃疡病、炭疽病、疮痂病等。
在局部地区较严重发生的传染病有脚腐病、树脂病、线虫病等。此外，还有一些非传染性病害，如日灼病、冻害以及缺素病等。苗圃主要病害有溃疡病、立枯病等。贮藏期间主要病害有青霉病、绿霉病、蒂腐病等。
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