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在一些富营养化的水体中，蓝藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而有腥味的浮沫，称为“水华”，大规模的蓝藻爆发被称为“绿潮”。绿潮引起水质恶化，严重时耗尽水中氧气而造成鱼类的死亡。更为严重的是，蓝藻中有些种类（如微囊藻）还会产生微囊藻毒素，它除了直接对鱼类、人畜产生毒害外，也是肝癌的重要诱因，它不易被沸水分解，但是可被活性炭吸收，所以可以用活性炭净水器对被污染的水源进行净化，而目前广州、江苏等地区养殖户用的“水藻分解精-D”对蓝藻，尤其是微囊藻效果显著，可以全池喷洒，用后24-48小时蓝藻彻底分解，并不会对水生动物有副作用，因为其采用的基因分解、以藻治藻新概念。并且分解过程中，水藻分解精-D中含有的解毒剂、维生素E、维生素B、化食剂、肠胃修复剂等，直接进入水生动物的体内将蓝藻分解，排除体外蓝藻被分解转化为有益微生物，可被水生动物吸收，起到降低饲料成本，提高产量的效果。
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