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末日种子库的储藏室温度保持在零下18摄氏度。存放种子的盒子进行真空密封处理，用以限制氧气透过量和降低代谢活动。在位于一条125米长的隧道末端的储藏室，即使不使用电动制冷装置时的温度也不会超过零下3.5摄氏度。种子库的安全设施包括运动传感器和网络摄像头，用于监视大门;当地机场的控制塔也可以直接监视种子库。
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