化肥按酸碱性可分为化学酸碱和生理酸碱性两种。在购买和使用化肥时，要了解化肥的酸碱性，以便合理施用，提高肥效。土壤酸碱度既能直接影响土壤中养分的溶解和沉淀，又能影响微生物的活动，间接影响土壤养分的有效性。在酸性土壤中，可溶性磷易与铁、铝化合，形成磷酸铁、铝降低有效性。土壤中的交换性使钾、钙、镁等营养元素易被氢离子置换出来，一旦遇到雨水，就会流失掉。酸性土壤也往往缺硫和钼。因此，酸性土壤要选用碱性或生理碱性肥料，如硝酸钙、氨水、碳铵、钙镁磷肥等。这样，就不会导致土壤继续酸化，还可以改善硫、钼等养分的活性，否则会降低磷肥有效性，造成钾、钙、镁等养分的流失。而在碱性土壤，尤其是石灰性土壤中，可溶性磷易与钙结合，生成难溶性磷酸钙盐类，降低磷的有效性，许多微量元素如硼、锰、钼、锌、铁的有效性也会大大降低，导致这些营养元素不足，进而导致作物发生各种生理性病害。因此，在石灰性或碱性土壤宜选择施用过磷酸钙、硫酸铵、氯化铵等酸性和生理酸性肥料，以提高土壤酸性，使磷不易与钙结合生成难溶的磷酸钙盐类而降低磷的有效性，也可提高硼、锰、钼、锌、铁、铜的有效性。反之，若长期在酸性土壤上施用酸性肥料，会使土壤酸化、板结化和贫瘠化；而在石灰性或碱性土壤上，偏施碱性或生理碱性肥料，就会造成土壤次生盐碱化、结构恶化和肥力退化。