《国务院关于加快推进现代农作物种业发展的意见》出台以后，国内有实力的种企越来越重视对育种研发的投入，但在育种管理上还没有走出不适合商业化育种的课题组管理模式。现代企业需要逐步建立产业技术链(Pipeline)，把大规模、程序化、数据化的流水线式商业育种系统做完整。对此，有观点认为，流水线作业很可能成为制约大公司科研快速发展的瓶颈，而部分中小公司很可能异军突起，成为行业佼佼者！

　　资金雄厚和创新能力较强的大企业必须推行流水线式的育种管理，并发挥商业育种高投入、高产出和高效益的优势，提高创新能力和效率。这里说到“瓶颈”，包含两个相反方向的理解。一方面，大企业需要通过流水线式的育种管理提高创新能力和竞争力；但另一方面，如果弄得不好，大规模、高投入的流水线式管理反而会增加管理成本，降低运行效率，成为企业的累赘。

　　流水线式育种管理着眼于企业的长远可持续发展，把偶然成功的经验育种转变为必然成功的设计育种，但必须是没有眼前危机或重大隐患。因为推行流水线式育种管理要改变企业结构，不但以育种家为核心，还必须有种质管理、自交系选育、杂交种选育、测试系统和信息管理的高端人才相辅助。如果企业还没有能力开发出自己的骨干品种，甚至尚未完成资本积累，只是白手起家，就很难推行现代化的育种管理。

　　流水线育种管理是大企业的两难选择。一方面，基于经验育种的课题组管理体制可以解决一部分眼前利益，但没有可持续性，因此大企业需整合资源建立上中下游一体化的育种管理体制或运行机制；另一方面也应承认，解决眼前问题，原有体制下的科研人员仍可以发挥积极性。流水线式育种管理需要较多较长远的资金投入，在体制冲突面前，企业需要兼顾长远利益与短期需求。

　　大企业左右为难，似乎中小企业在变革中更容易调整方向和抓住生存机会，但缺少可持续性。我认为，国家的产业政策既要扶持研发型的中小企业，也要扶持个体育种者的力量。在中国，小微型企业的创新活力高于大型企业，更高于科研机构。小微型企业虽然还不可能推行大规模的流水线式育种管理，但为了提高效率，也要施行以育种家为核心的流水线式研发管理，发现和支持具有可持续性的积极因素，成为基础种子公司的雏形。现在这类企业已经没有流水线式育种的体制和文化障碍。

　　无论大企业还是小企业，不管什么样的育种管理模式，关键是调动育种者的积极性和提高系统的运行效率。当然，还要降低管理成本。考察跨国公司的育种管理方式，我们注意到孟山都的管理方式强调宏观的技术分工与资源整合，这样投入巨大，管理协调难度大，但人为因素影响小；先锋公司更强调以育种家为核心的流水线式管理，比较人性化，既整合资源，又调动人的积极性。我国企业在调整管理结构的时候，要研究跨国公司的经验，结合目前我国经验育种的状况，逐步实行流水线式的育种管理。

　　简而言之，流水线式育种管理必须调整育种方向和技术路线，正确认识杂种优势，施行种质改良与创新、循环育种、抗逆育种策略和信息管理。大型企业以育种家为核心，建立若干个小规模的流水线式管理的育种站，而育种站之间的资源整合，就成为Portfolio管理（资源整合，一盘棋）。改革育种的管理方式，中小企业甚至个体育种者也有可能成为品种创新的重要力量，为突破体制坚冰积蓄力量。