《国务院关于加快推进现代农作物种业发展的意见》出台之后，国内有实力种企越来越重视育种研发投入，但在育种管理上没有走出不适合商业化育种的课题组管理模式。现代种企需要逐步建立产业技术链，完善大规模、程序化、数据化流水线式商业育种系统。对此，有观点认为，流水线作业可能成为制约大型种企科研快速发展的瓶颈，而部分中小企业可能异军突起，成为行业佼佼者。

　　大型种企资金雄厚、创新能力较强，推行流水线式育种管理可以发挥商业育种高投入、高产出和高效益优势，提高创新能力和效率。一方面，需要通过流水线式育种管理提高创新能力和竞争力;但如果弄不好，大规模、高投入流水线式管理反而会增加管理成本，降低运行效率，成为企业累赘。

　　流水线式育种管理着眼于企业长远可持续发展，把偶然成功经验育种转变为必然成功的设计育种，前提是没有眼前危机或重大隐患。因为推行流水线式育种管理要改变企业结构，不但以育种家为核心，还必须有种质管理、自交系选育、杂交种选育、测试系统和信息管理高端人才相辅助。如果企业没有能力开发骨干品种，或未完成资本积累，很难推行现代化育种管理。

　　流水线育种管理是大型种企的两难选择。一方面，基于经验育种的课题组管理体制可以解决一部分眼前利益，但没有可持续性，需要整合资源建立上中下游一体化育种管理体制或运行机制;另一方面原有体制下科研人员仍可以发挥积极性，解决眼前问题。流水线式育种管理需要较多、较长远资金投入，在体制冲突面前需要兼顾长远利益与短期需求。

　　大型种企左右为难，似乎中小企业在变革中更容易调整方向和抓住生存机会，但缺少可持续性。国家产业政策既要扶持研发型中小种企，也要扶持个体育种者力量。在我国，小微型种企创新活力高于大型种企，更高于科研机构。小微型种企虽然不可能推行大规模流水线式育种管理，但为提高效率，也要施行以育种家为核心的流水线式研发管理，发现和支持具有可持续性积极因素，成为基础种子公司雏形。目前这类企业已经没有流水线式育种体制和文化障碍。

　　不论何种育种管理模式，关键是调动育种者积极性和提高系统运行效率、降低管理成本。简而言之，流水线式育种管理必须调整育种方向和技术路线，正确认识杂种优势，施行种质改良与创新、循环育种、抗逆育种策略和信息管理。大型种企以育种家为核心，建立若干小规模流水线式管理育种站，加强育种站之间资源整合，改革育种管理方式。中小种企甚至个体育种者也有可能成为品种创新重要力量，为突破体制坚冰积蓄力量。