选肉厚、水分少、质地较硬、橙色较深、果面布有蜡粉的九成熟有机南瓜，于晴天用剪刀在留瓜柄3厘米长的瓜把处剪下，主蔓上第2个以后的有机南瓜作贮藏用。贮藏的有机南瓜不能遭霜冻。生长期间最好不使瓜直接着地，可在瓜下垫砖或吊空，并要防止阳光暴晒，采收时轻拿轻放。

　　一、堆藏：选择阴凉、通风、干燥的仓库，进行消毒。进仓时应严格检查质量，剔除有病虫害、有病疤和过嫩、倒瓤的瓜。在搬运、装卸过程中必须轻搬、轻装、轻运、轻卸，切勿抛滚碰撞。也可在仓库内用木、竹或角铁搭成分层贮藏架，铺上草包，将瓜堆放在架上，或用板条箱垫一层麦秆和草当作贮藏容器。

　　二、室内堆藏：地面要先铺一层草包或麦秆，力求摆瓜平整。摆瓜的方式一般要和田间生长时期的状态基本一致。摆放圆型南瓜时，将瓜蒂朝上平放，平行堆码5层高为宜。摆放长型有机南瓜时，将瓜蒂朝里，瓜顶向外一个一个地依次堆码成圆堆，每堆15-25个，高度以五六个瓜高为宜，并适当留出过道以便检查。贮藏期间不宜翻动，及时剔除病斑瓜。贮藏前期，外界气温较高，晚上要打开窗户通风换气，白天关闭门窗，室内空气要新鲜干燥，保持凉爽。外界气温较低时，特别是严寒的冬季，要关闭门窗防寒，保持0℃以上温度。

　　三、窖藏：入窖时将瓜堆放在铺垫的细沙、麦秆或稻草上，堆瓜二三层。也可将瓜摆在菜架上。如果能使窖温控制在7.2-10℃，可降低呼吸强度，减缓瓜内营养物质的损耗，延缓瓜的衰老过程，贮藏期可达3个月。