多年生果树作物与一年生作物在害虫管理方面的主要区别是：不能依赖轮作来防治害虫（草莓、树莓等是例外）。多年生果园稳定的农业环境，为害虫群体的建立提供了条件。当然反过来，也对有机果园有益生物种群的形成有利。有机果园害虫控制的主要途径有：

　　1、培养健康和强健的果树植株。培养健康植株、维持良好的生长势对控制间接危害果实的害虫（以叶、茎为食）更为有效。如李树在生长初期常受毛虫（间接害虫）危害而落叶，但如果李树长势良好，就能很快恢复，当年仍能获得较好的产量。

　　2、生物控制。生物控制是指利用有益生物来控制害虫虫口数量。一些有益的节肢动物对控制果树害虫较为有效，如捕食螨捕食红蜘蛛、瓢虫和草蛉防治蚜虫，胡蜂寄生于几种害虫的卵与蛾的幼虫。不过，这些有益的节肢动物并不能完全控制直接以果实为食的害虫，因此，通常还需要其它的控制措施。成功利用有益生物控制害虫有四个不可或缺的要素：①选择合适的天敌。如胡蜂寄生害虫的卵，因此，不能用于控制己活跃田间的成虫。②释放天敌必须与寄主易感的阶段相符，一般应提早释放。③释放天敌的数量要恰当，通常按种植面积计算。④要提供天敌的生存环境，如花蜜资源、交替捕食昆虫、充足的水分，如环境条件不适会造成有益昆虫迁移或死亡。

　　3、有机和生物杀虫剂防治。经有机认证机构认可的杀虫剂通常来源于天然资源，在田间降解很快，对环境影响微小。如植物提取物、昆虫生长调节剂、干扰害虫交配的人工合成的信息素、肥皂、油、矿粉等。生物杀虫剂有高度的专一性，不会伤害人类和有益昆虫。用于果树害虫管理的生物杀虫剂有：①苏云杆菌Bacillus thuringiensis。美国开发的Bt产品有Attack、Dipel、Thuricide和Javelin等，我国也有众多Bt产品。Bt杀虫剂已成功控制卷叶蛾、葡萄烟翅蛾、天幕毛虫等很多取食果树叶片的鳞翅类幼虫。但Bt对取食茎、根颈、树干和果实等已渡过幼虫阶段的鳞翅目害虫不很有效（如树莓根颈蛀心虫、桃树钻蛀虫、苹果蠹蛾、葡萄蛀根虫）。另外还有用于防治甲虫幼虫的Bacillus popilllae细菌制剂。②植物源杀虫剂。它是通过从植物中提取有杀虫剂特性的化合物配制而成。但很多植物源杀虫剂为广谱的有毒物质，对害虫和有益生物一样有毒，所以不一定是生物合理的选择。常用于有机栽培的植物源杀虫剂有除虫菊、鱼藤酮、鱼尾汀和楝树油等。③特殊配制的含有高脂肪酸的皂液。杀虫剂型的皂液能有效防治软体昆虫如蚜虫、粉虱、叶蝉和红蜘蛛等。防虫机理是皂液渗入昆虫的体内后，扰乱细胞膜的正常功能，引起细胞内含物渗漏。但肥皂只能在液态并且是触杀才有效。④休眠油。在果树萌芽前喷一层薄的休眠油可通过闷死越冬的成虫和卵而抑制卷叶虫、蚜虫，螨类和介壳虫的发生。⑤昆虫信息素。般每种昆虫都有特定的信息素。利用信息素扰乱某些昆虫的交配已用于防治葡萄蛾、苹果蠹蛾、桃蛀心虫和东方果树蛾等害虫。③高岭土。高岭土为制作牙膏和果胶的原料，对环境安全。美国已开发出一种商品名为“Surround”高岭土产品，以液态喷施，水分蒸发后在植株表面形成粉状的保护膜，当昆虫落在植物上时，这些很小的粘土颗粒将昆虫粘住，从而达到驱虫目的。“Surround”高岭土对李象鼻虫这种有机栽培很难控制的害虫也较为有效。